Robson,
Você pode fazer isso pelo E3 ou pelo banco.
Pelo E3 você pode associar um campo do Histórico a um Tag Interno e incrementar o valor desse tag antes de cada inserção no banco. Note que nesse caso você é obrigado a desabilitar o scan do histórico e a usar o método WriteRecord para gravar os dados. Ou, se você não quiser alterar a estrutura da tabela, pode simplesmente utilizar a função ROW_NUMBER na consulta.
Pelo banco você pode adicionar um campo a mais, conforme o artigo http://kb.elipse.com.br/pt-br/questions/4055. Nesse caso, depois de editar a tabela no banco, você terá que habilitar a opção de vincular o Histórico a uma tabela já existente, conforme o artigo http://kb.elipse.com.br/pt-br/questions/2649.