Caro @gabriel.conceicao_ma,
No caso do Elipse Mobile Server, basta clicar no menu e ir em Aplicações.
Após isto, vá no canto superior direito e clique no + e crie a sua nova aplicação.
De um nome, salve e após aparecer na lista de aplicações, selecione a mesma e clique no botão de rodar.
Após isto, clique na casinha para voltar para a tela inicial, você já vai estar desenvolvendo na nova aplicação.
É possível comunicar com a sua aplicação do Elipse E3 criando uma conexão do tipo E3. Após configurado, já vai estar disponível os tags para qualquer objeto. Lembre de que para a importação funcionar é necessário o domínio estar rodando.
No Elipse Mobile Cloud, quando você criar a sua aplicação na sua conta, será perguntado qual o nome do aplicativo, gerando um link com o nome que você desejar.